监测水中氨氮常用的方法有纳氏试剂分光光度法、水杨酸分光光度法、电极法以及气相分子吸收光谱法等。纳氏试剂分光光度法试剂毒性较大，水杨酸分光光度法显色较慢，这两种方法都容易受水样的色度或浊度的干扰；电极法电极的寿命短，重现性不足，还易受水中表面活性剂等物质的干扰和污染。气相分子吸收光谱法测定氨氮简便快速，结果准确可靠，且抗干扰性强，不受样品色度、浊度和基体的干扰。因此，气相分子吸收光谱法得到了越来越广泛的应用。
HJ/T195-2005 采用加盐酸和乙醇后加热将亚硝酸根转化为NO2的方式消除其干扰，代阿芳等选用分段法测定样品中的氨氮，结果证明分段法能在线消除亚硝酸盐的干扰。刘琳娟等研究了干扰GPMAS测定氨氮的潜在影响因素，发现苯胺、悬浮物、亚硝酸盐和色度对测定无干扰，硫化物和尿素均产生负干扰， 其中硫化物的干扰可用乙酸锌--乙酸钠固定液沉淀法去除，尿素干扰可以用稀释法去除，但仅限于氨氮质量浓度大于0.10mg/L且稀释后尿素的质量浓度不大于 100mg/L 的水样。
用气相分子吸收光谱法对钙镁离子含量高的水样进行测定，其测定值与经絮凝沉淀或蒸馏后纳氏比色法测得的值无显著差别，加标回收率达 97.5% 〜 104.4% ,表明高浓度钙镁离子对 GP-MAS 测定氨氮无干扰。pH值大于1的样品无需调节pH值即可直接分析；样品中COD浓度在0〜200mg/L范围时，有机还原性物质对分析无影响，COD浓度大于300mg/L时则会产生明显的负干扰。
高浓度氯离子对气相分子吸收光谱法测定水样中的氨氮不会产生干扰，但是水体中有表面活性剂存在时，通入的载气会造成水体产生泡沫，水样中阴离子表面活性剂的浓度超过1mg/L时，容易导致气相分子吸收光谱仪在测量氨氮时反应起泡冒液，影响测量过程。在盐酸--乙醇载流液中加入5%的消泡剂，可以对50mg/L以下表面活性剂的水样起到良好的消泡作用，消除了阴离子表面活性剂对气相分子吸收光谱法测定氨氮的干扰，保证了方法的准确度和精密度。
