菌落总数（CFU）是指1mL水样在营养琼脂培养基中，于37℃培养48h后所生长的腐蚀性细菌菌落的总数。目前检测水中菌落总数的方法主要为平皿计数法，该方法即在需氧情况下，于37 ℃培养48h，能在普通营养琼脂平板上生长的细菌菌落总数。
菌落总数测定是用来判定食品被细菌污染的程度及卫生质量，它反映食品在生产过程中是否符合卫生要求，以便对被检样品做出适当的卫生学评价。菌落总数的多少在一定程度上标志着食品卫生质量的优劣。水中细菌总数常与水体受有机污染的程度相关，因此细菌总数常作为评价水体污染程度的一个重要指标，即细菌总数越大，水体受污染的程度越严重。同时，水中细菌的数量在一定程度上反映了水中病原菌数，实际工作中常以检验细菌菌落总数来衡量判断水的卫生学质量。
我国现行《生活饮用水卫生标准》（GB5749--2006）规定：细菌菌落总数在1 mL自来水中不得超过100个，目前，株洲市自来水有限责任公司水厂实际出厂水、管网水中的细菌总数均小于100CFU/mL，完全符合《生活饮用水卫生标准》要求。
水质菌落总数检测一般会使用专业的检测仪器，格蓝普物联生产的菌落总数快速检测仪就是一款不错的产品，基于萤火虫发光原理，利用“荧光素酶—荧光素体系”快速检测三磷酸腺苷（ATP）。ATP拭子含有可以裂解细胞膜的试剂，能将细胞内ATP释放出来，与试剂中含有的特异性酶发生反应，产生光，再用荧光照度计检测发光值，微生物的数量与发光值成正比，由于所有生物活细胞中含有恒量的ATP，所以ATP含量可以清晰地表明样品中微生物与其他生物残余的多少，检测准确。
